两侧卵巢囊肿可能会造成患者腰疼。一般来说两侧卵巢囊肿可能会导致患者出现腰痛的情况，但是腰痛并不一定是卵巢囊肿导致的，患者出现两侧腰疼的情况，需要及时到医院就诊，明确病因，对症治疗。

卵巢囊肿是卵巢内或者表面形成的囊状结构，大部分囊肿可自行消失，对患者身体健康影响不大。但有部分患者卵巢囊肿不会自行消退，一般初期时并不会用明显的症状，随着囊肿体积的增大，患者可能会出现腰腹部不适，尤其是巨大卵巢囊肿压迫到子宫、腹膜、腰骶部等部位时，患者腰痛的感觉就会更加明显明显。另外，如果卵巢囊肿发生蒂扭转或者破裂，患者还会出现强烈的腹痛和腰痛的症状。如果是炎性卵巢囊肿，在炎症急性发作时患者可能会出现腰疼的情况。

目前卵巢囊肿主要有药物以及手术治疗两种方法。部分尚在可控范围内的卵巢囊肿，患者可以使用中西药物保守治疗，尽量延缓囊肿的增长速度，不同类型的卵巢囊肿有不同的药物治疗方案，需要专业医生结合患者的个人情况来确定。如果囊肿的体积较大，则需要进行手术切除治疗。